Îles et berges sont peu accessibles une partie de l'année car soumises à de fortes et fréquentes variations hydriques. Avec l'abandon partiel du pâturage traditionnel, au profit de la culture de peupliers hybrides dans la décennie 1970, l'extension des boisements naturels de rives et d’atterrissements, des étiages de plus en plus longs et sévères, les paysages frangeants des berges et îles de Loire et Maine se referment progressivement. En cause, les formations naturelles arborées qui se développent sur ces nouveaux espaces et les stabilisent.
Ces groupements arborés, constitués d'essences typiques des zones humides des grandes plaines alluviales, font l'objet de multiples protections et sont reconnus « Espace Naturel Sensible ». Proches de la forêt originelle, ils sont formés de quelques essences distribuées sous forme linéaire aux bords des rives ou en bosquets au voisinage des boires et dépressions humides des prairies inondables. Constitués d'arbres d'âges variables, ces boisements de rives ressemblent à un mikado géant ; des sujets morts sur pied ou couchés, un enchevêtrement de branches et troncs déchaussés par l'érosion des berges, étêtés ou déracinés par les bourrasques, voire rabattus par la dent des castors nouvellement arrivés. Y sont présentes des essences à bois tendres, au plus près de l'eau : Saule (Salix alba, S.triandra, S.fragilis,...) et Peuplier noir (Populus nigra). En retrait, sont des essences à bois durs, Frêne à feuilles étroites (Fraxinus angustifolia) et Orme (Ulmus laevis, U.minor), parfois pénétrées par une espèce invasive, l'Erable à feuilles de frêne (Acer negundo) et le rare Chêne pédonculé (Quercus robur = Q.robur). Quelques arbustes, lianes et plantes herbacées sont associés à ces formes ligneuses : le Cornouiller sanguin (Cornus sanguinea L) à bois rouge, le Saule roux (Salix atrocinerea), le Nerprun purgatif ou Bourdaine (Rhamnus frangula) à écorce et petits fruits noir toxiques, la Ronce bleue (Rubus caesius L.), l' Aubépine à un style ou Bois de mai (Crataegus monogyna), l'Epine noire (Prunus spinosa), le Houblon lupulin (Humulus lupulus) et la Baldingère faux-roseau (Phalaris arundinacea) qui constitue la couverture herbacée principale.
L’île aux Chevaux est d’une grande diversité floristique. Sur les berges basses et atterrissements, se développent de jeunes ligneux à l'origine des boisements de rives à saules arbustifs, les Osiers (Salix viminalis, S.rubra, S.fragilis). Le grand Saule blanc (Salix alba) consolide les berges. En limite des débordements du fleuve pousse le Frêne à feuilles étroites (Fraxinus angustifolia), espèce des grandes vallées alluviales d'Europe (Rhin, Elbe, Danube, Loire, Rhône). Ce frêne, autrefois périodiquement émondé (tétard ou tête de chat), est devenu l’arbre emblématique des Basses Vallées Angevines. Les plus anciens, nombreux des prairies inondables de Port Thibault au Pré Seigneur, offrent des niches écologiques favorables à une faune bien spécifique dans leurs profondes et larges cavités. Ces frênes depuis quelques années doivent faire face à la Chalarose, redoutable maladie responsable du dépérissement des rameaux.
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